清代定都北京后，大量吸收漢文化，完全承襲了明代北京城的建筑風格，對北京的居住建筑四合院也予以了全部繼承。清王朝早期在北京實行了旗民分城居住制度，令城內的漢人全部遷到外城，內城只留滿人居住。這一措施客觀上促進了外城的發展，也使內城的第宅得到進一步調整充實。 

清代最有代表性的居住建筑是宮室式第宅，這就是官僚、地主、富商們居住的大中型四合院。稱之為宮室式第宅，主要是因為它在規制、格局方面承襲了古代宮室建筑的特點。這種大中型四合院均設有客廳、飯廳、主人房、傭人房、車轎房等建筑，院落二三重乃至多重，氣派而豪華。

明清北京四合院與元代四合院相比有較明顯的變異，這主要表現在院落布局的變化、工字形平面的取消以及占地面積的減少。元代北京后英房等四合院遺址中， 前院面積較大，明清四合院前院(外 宅)面積較小，后院(內宅)面積增大，使院落面積的分配更趨合理。

明清 四合院還取消了前堂、穿廊、后寢連在一起的工字形平面布局代之以正房、廂房、抄手游廊組成的四合院式布局，這種變化同明清兩朝北京城市居民成分的變化及由此帶來的東西南北文化交流是分不開的。

此外，由于明清時期北京人口增長較快，元代每戶八畝地的大院落已不敷分配，明清四合院占地普遍較小，小者一畝，大者也不過三五畝(王府等大型府第除外)。這些是明清四合院與元代四合院的主要區別。

清代四合院在北京的遺存很多，至今仍在沿襲使用，成為當今北京古都文明風景線的重要內容。北京四合院是我國古代諸多傳統民居形式中頗具有代表性的一種。它集各種民居形式之長，在華 夏諸種民居建筑中堪稱典范。

它的這些特點的形成，與北京作為六朝古都的特殊政治歷史地位是分不開的。長期居住在北京這塊土地上的各朝代貴族、士大夫階層對家居環境有著相當高的要求，這就從各個方面促進了北京四合院的發展與完善；加上北京地區的地理位置、氣候特點和傳統民俗，共同構成了北京四合院獨具特色的傳統居住建筑文化。