隨著社會的進步，北京四合院的發展也跟隨著時代的腳步，一次次以不同的姿態展現在人們的眼前，北京四合院的發展上，當然也出現諸多的問題。

要改變北京四合院設計的現狀，就必須根據歷史和城市發展的需要，對傳統四合院街區進行有機更新。在四合院的保護和有機更新問題上，近10多年來一直爭論不斷。這種爭論，是在對始于1990年代中后期的大規模拆除胡同四合院而代之以現代單元樓房的危舊房屋改造的反思開始的。

但是以拆除大量胡同四合院為代價的危舊房改造肯定是錯誤的。這樣做盡管改善了部分北京市民的住房條件，卻使北京這座歷史文化名城的歷史風貌和傳統文化遭到了巨大破壞。危舊房改叫停之后，在如何解決北京舊城保護的問題上，一些人主張死保。

一些媒體也跟風炒作。使得市區兩級政府莫衷一是，束手無策，無所作為。而合理的、正確的住張反而得不到實施。將近20年時間，北京在歷史文化區保護和更新方面一直停滯不前，矛盾越積越多。

20年的實踐證明，面目極左的死保主張，沒有為北京四合院保護更新找到任何出路，只是白白耽誤了近20年時間。

要使北京四合院這種為大家所鐘愛的居住文化得以延續，必須根據歷史和城市發展的需要，對四合院街區進行有機更新。具體做法是由真正專業的院所對歷史街區進行科學合理的規劃，保留其中的文物建筑和有價值的歷史建筑（可以進行翻建）及名人故居，保護好原有的胡同肌理（對過窄的胡同可適當拓寬），妥善保護古樹名木和歷史遺跡。

拆除不符合風貌要求的紅磚房和破舊房，按照老北京四合院的格局和風貌，認真地設計和建設新的四合院。只有這樣才能使現有四合院保護區徹底改變城市雜亂和貧民窟的悲慘現狀，而變成街區風貌依舊（這個舊不是現狀的破舊，而是胡同四合院最具特點的歷史風貌），文化傳承延續，環境干凈整潔，居住安恬舒適符合現代生活要求的傳統風貌街區。有機更新以后的四合院，不再是普通的百姓住宅，而將成為高檔住宅或高級會所。