四合院除了內宅、在外宅的院落之外，會形成一些小院子，正房兩旁的耳房前的小院，以及外院兩側的屏門被隔開的小院。

內宅的院落中有正南北十字形的通道，老北京的住戶大多數會在院子里栽樹，松樹、柏樹和楊樹等大多數種在墳地里不能栽種外，其他的各種樹木都在種植，過去北京有民諺：“桑松柏梨槐，不進府王宅”，就是在庭院中種樹的禁忌。

比較常見的有棗樹、柿樹等等，花木主要有牡丹、芍藥、玉蘭、丁香、海棠、紫藤、石榴等，在四合院內部種植棗樹、石榴樹寓意“早”生貴子、多子多孫，種柿子樹表示著事事如意，種丁香、海棠，表示著主人有著驚人的身份和一定的文化修養。

還有養魚的習俗，一般用直徑為60到70厘米的魚缸養著各種各樣的魚并種著荷花，冬天魚缸還能用來存放食物。夏天時分，天氣炎熱，還可在庭院中搭設天棚遮陽，老北京有“天棚魚缸石榴樹，先生肥狗胖丫頭”的俗語，就是家住北京的書吏人家的生活寫照。 

垂花門又稱二門，整在內外院之間的隔墻上，在院落的中軸線上。舊時說的大戶人家的閨女“大門不出，二門不邁”，指的就是不邁垂花門。垂花門的外檐柱不是從地上立起來的，而是在中柱的橫木上，稱為垂柱，垂柱的下端有一個垂珠，一般都是彩繪為花瓣的形式，因此稱為垂花門。

垂花門是四合院中裝飾最富麗的建筑。垂花門的屋頂通常是卷棚式，或一殿一卷式，門外為清水的脊式，門內為卷棚式。垂花門的門口有兩道，一道是在中柱的位置上，白天開啟，夜間關閉；另一道是屏門，在內檐柱位置上，平時關閉，起到了隔絕內院視線的作用。垂花門進入內院是經過垂花門兩側內檐柱與中柱之間空間進出，通常與抄手游廊相銜接。

垂花門的油漆十分漂亮，檐口椽頭椽子油成為藍綠色，望木油成紅色，圓椽頭油成為藍白黑相套如暈圈之寶珠的圖案，方椽頭則是藍底子的金萬字絞或菱花的圖案。前檐正面中心的錦紋、花卉、博古等等，兩邊倒垂的垂蓮柱頭是根據雕花紋，顯得油漆更是五彩繽紛。